يدير المجمع مجلس إدارة يتكون ثلث أعضائه من ممثلي الإدارة (وزارة الفلاحة، التجارة، الصناعة والمالية) والبقية من ممثلي المهنة (الاتحاد التونسي للفلاحة والصيد البحري والاتحاد التونسي للصناعة والتجارة والصناعات التقليدية).
ويتم تعيين أعضاء مجلس الإدارة لمدة ثلاثة سنوات بقرار من وزير الفلاحة باقتراح من الجهات المعنية، وينتخب مجلس الإدارة من بين أعضائه الممثلين للمهنة رئيسا ونائبا له. ويعيّن مجلس الإدارة، طبقا لرأي وزير الفلاحة، مديرا عاما لتسيير شؤون المجمع.
